Đào Trọng Kỳ sinh năm 1839 trong một gia tộc dòng khoa bảng tại làng Cổ Am, tổng Đông Am, huyện Vĩnh Bảo, tỉnh Hải Dương (nay thuộc xã Cổ Am, huyện Vĩnh Bảo, thành phố Hải Phòng).

Năm 1864, ông đỗ Cử nhân khoa Giáp Tý tại trường Hương Nam Định, xếp thứ 13.[1] Năm 1869, ông vào thi Hội, nhưng chỉ đỗ nhị trường. Tuy vậy, triều đình vẫn cho ông sơ thụ hàm Hàn lâm Kiểm thảo, tòng Thất phẩm (vốn dành cho Phó bảng). Sau 1 năm, ông được bổ nhiệm làm Hành tẩu ở Ty luân sở tại Kinh thành (Huế). Năm 1870, ông được thăng chức Hàn lâm Biên tu (chánh Thất phẩm), đến năm 1871 thì được thăng chức Hàn lâm Tu soạn (tòng Lục phẩm) nhưng làm nhiệm vụ của Hàn lâm Trước tác (chánh Lục phẩm).

Những năm 1873-1874, ông được bổ làm Tri huyện Ý Yên, rồi đồng Tri phủ Nghĩa Hưng, rồi Tri phủ Kiến Xương. Đầu năm 1875, ông bị triều đình cách chức xét tội do đã để thất thủ Kiến Xương năm 1873. Đến cuối năm 1882, ông mới được triều đình triệu về kinh chờ bổ dụng.

Tuy nhiên, mãi đến năm 1887, triều đình mới cho ông được phục chức, làm Hàn lâm Điển tịch (chánh Ngũ phẩm), rồi làm Án sát Hải Dương, Hàn lâm Thị độc (Tam phẩm). Năm 1889, ông được bổ làm Tán lý quận thú Hải Dương, Bắc Ninh.

Năm 1890, ông được thăng làm Phủ doãn Thừa Thiên, Nam Định. Năm 1896, ông được đổi làm Tổng đốc Sơn Tây, rồi về trí sĩ ở tuổi 60, được phong Vinh lộc đại phu, Hiệp tá đại học sĩ.

Ông qua đời tại quê nhà năm 1914, thọ 76 tuổi.